甘肃省足球运动协会恢复成立于1998年6月，2001年9月国家体育总局授予我会“全国群众体育先进单位”光荣称号，2002年中国足球协会授予我会全国足球甲B联赛“最佳接待”、“最佳球市”、“最佳安保”三项大奖，近年来多次被甘肃省体育局、甘肃省体育总会授予“先进单位”称号。

2011年12月28日举行了第五届足协换届大会，选举产生新一届省足协领导，甘肃省副省长郝远担任名誉主席，省体育局副局长石生泰担任主席，省社会体育管理中心主任祝林担任常务副主席，省社会体育管理中心副主任孙玉炜担任秘书长。下设综合部、技术部、竞赛部、青少部、外联部。新一届足协将秉承的思路是，克服困难，大胆创新，走市场经济和文化体育发展相结合的路子，多渠道、多方面筹措资金，深入开展校园足球活动，不断开拓进取，提高我省足球运动水平。